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Eine einfache Strategie, um ein neues All-Atom-Protein-Kraftfeld (wie das Kraftfeld SAAP genannt), die die einzelnen Aminosäurepotential (SAAP) Funktionen in verschiedenen Lösungsmitteln mit Ab-initio-MO-Berechnung erhalten die Anwendung der Isodichte- polarisierbaren Kontinuums-Modell (nutzt komponieren IPCM), vorgestellt. Wir haben überlegt, dass die Gesamtenergie Funktion eines Proteins Kraftfeld (E (TOTAL)) ist in drei Komponenten unterteilt; eine einzelne Aminosäure Potentialterm (E (SAAP)), eines interamino säurebindenden Interaktionsterm (E (INTER)) und eine verschiedene Zeit (E (SONSTIGES)), die ignoriert wird an der aktuellen (oder als konstant sein) Version des Kraftfeldes. New Balance 574 Damen Die E (INTER) Begriff besteht New Balance 990 Test aus elektrostatische Wechselwirkungen (E (ES ')) und Van-der-Waals-Wechselwirkungen (E (LJ')). Trotz der Einfachheit, das Kraftfeld SAAP implizit beinhaltet die Korrelation zwischen einzelne Formulierungen Potentialfunktion des Lifson innerhalb einer einzigen Aminosäure-Einheit und kann Lösungsmitteleffekte eindeutig, indem Sie die SAAP-Funktion in einem geeigneten Lösungsmittel und die Dielektrizitätskonstante (D) des Mediums zu behandeln. Anwendung des Aktionsplans Kraftfeld auf die Monte-Carlo-Simulation Für-Ala (2) NH (2) im Vakuum vernünftigerweise reproduziert die Ergebnisse der umfangreichen Konformationssuche durch Ab-initio-MO-Berechnung. Darüber hinaus werden die vorläufigen Monte Carlo Simulationen für Für-Gly (10), -NH (2) und zur-Ala (10) -NH (2) zeigte reversible Übergänge von erweiterten zum pseudosecondary Strukturen in Wasser (D = 78,39), wie sowie in Ether (D = 4,335). Das Ergebnis legt nahe, dass der neue Ansatz ist effizient für die schnelle Modellierung von Proteinstrukturen in verschiedenen Umgebungen. Zersetzungsanalyse des gesamten Energiefunktion (E (TOTAL)) mithilfe des Kraftfeldes SAAP vorgeschlagen, dass Konformationsänderungen Neigungen einzelner Aminosäuren (dh die E (SAAP) tige) kann definitiv Rollen auf den Topologien der Proteinsekundär structures.Copyright spielen 2003 Wiley Periodika, Inc. J Comput Chem 24: 1192-1200, 2003

 

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